O Apptainer é um programa para criação e execução de containers, compatível com o Docker e que permite rodar programas dentro de 'imagens' prontas. Isso evita problemas de compatibilidade entre pacotes do sistema e os requeridos pelo programa.

Sua principal vantagem em relação ao Docker é não precisar de permissões especiais dos usuários, tornando-o mais adequado a nossos servidores de uso compartilhado.

Quase tudo que serve para o Singularity serve para o Apptainer.

Abaixo um guia de como rodar um programa dentro do ambiente (no caso, o R).

Para facilitar, deixaremos algumas imagens baixadas em /opt/apptainer.

Para rodar o R com a imagem ml-verse:

apptainer exec --nv /opt/apptainer/ml-verse_latest.sif R 

Rodar o Rscript é análogo.

Para rodar o RStudio, siga o guia.

As imagens do Apptainer são ambientes com as dependências necessárias para que o programa funcionar. Para baixar uma imagem podemos usar o subcomando pull, como:

apptainer pull docker://rocker/ml-verse

O exemplo baixa uma imagem do R do Projeto Rocker que já vem com o R dentro de um ambiente Ubuntu com um repositório de pacotes pré-configurado para instalação mais rápida. A imagem deve ser baixada no diretório onde o comando foi executado, com extensão .sif (no exemplo, seria ml-verse_latest.sif).

O comando aceita URIs que apontem para imagens que seguem o padrão OCI. Imagens de docker como a do exemplo costumam funcionar.

Para executar a imagem, utilizamos o subcomando apptainer run, especificando o nome do arquivo da imagem:

# não deve funcionar, pois o container chama o RStudio por padrão e precisará de alguns bind mounts
apptainer run ml-verse_latest.sif

Também é possível executar um comando no escopo da imagem:

apptainer exec ml-verse_latest.sif R

Ao executar o comando, o apptainer irá criar um container baseado na imagem e executar o programa.

O apptainer irá automaticamente disponibilizar seu $HOME dentro do ambiente, então seus arquivos devem continuar a ser acessíveis normalmente. A maior diferença se dá nas bibliotecas e outras dependências inclusas na imagem. Caso algum pacote dependa de bibliotecas que não estejam inclusas, o ideal é baixar ou criar uma imagem mais completa.

Para instalar pacotes é preciso configurar o .libPaths(). No R, rodar:

dir.create(Sys.getenv('R_LIBS_USER'), recursive=TRUE)
.libPaths(Sys.getenv('R_LIBS_USER'))

Por padrão isso resultará em pacotes instalados em seu $HOME na pasta R. É possível alterar a variável de ambiente para mexer nesse comportamento.

Além do $HOME, o apptainer já disponibiliza o /tmp e o /var/tmp (entre outros diretórios). Nas brucutus também configuramos acesso ao /var/fasttmp, que é sempre um SSD.

• https://apptainer.org/docs/user/latest/
• https://rocker-project.org/use/singularity.html