O IME dispõe dos seguintes laboratórios de informática geridos pela SI:

• Estações de Trabalho (A127) – público: docentes, funcionários e pós-graduandos do IME;
• Sala A101 – docentes do Departamento de Matemática;
• Sala A250 – pós-graduandos do Departamento de Estatística;
• Sala A253 - graduandos da Estatística ou com vínculo ao CEA;
• Sala A257 - pós-graduandos do Departamento de Matemática Aplicada.

Outros laboratórios:

• Rede Linux (Pró-Aluno) - graduandos do IME e administrado por alunos do Bacharelado em Computação;
• Centro de Ensino de Computação – centro de informática que disponibiliza laboratório para graduandos e pós-graduandos com administração própria;
• Laboratórios de grupos de pesquisa geridos pelo próprio grupo.