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--- tutoriais:apptainer [2024-03-19 16:16] – gnann
+++ tutoriais:apptainer [2024-05-08 11:44] (current) – [Baixando uma imagem] hcabral
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 Para rodar o R com a imagem ml-verse:
-  apptainer exec /opt/apptainer/ml-verse_latest.sif R
+  apptainer exec --nv /opt/apptainer/ml-verse_latest.sif R
 Rodar o ''Rscript'' é análogo.
+Para rodar o RStudio, siga [[servicos:rstudio|o guia]].
 ==== Baixando uma imagem ====
-As imagens do Apptainer são ambientes com as dependências necessárias para que o programa funcionar. Para baixar uma imagem podemos usar o subcomando ''pull'', como:
+As imagens do Apptainer são ambientes com as dependências necessárias para que o programa funcione. Para baixar uma imagem podemos usar o subcomando ''pull'', como:
   apptainer pull docker://rocker/ml-verse
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 O apptainer irá automaticamente disponibilizar seu ''$HOME'' dentro do ambiente, então seus arquivos devem continuar a ser acessíveis normalmente. A maior diferença se dá nas bibliotecas e outras dependências inclusas na imagem. Caso algum pacote dependa de bibliotecas que não estejam inclusas, o ideal é baixar ou criar uma imagem mais completa.
+Para instalar pacotes é preciso configurar o .libPaths(). No R, rodar:
+<code>
+dir.create(Sys.getenv('R_LIBS_USER'), recursive=TRUE)
+.libPaths(Sys.getenv('R_LIBS_USER'))
+</code>
+Por padrão isso resultará em pacotes instalados em seu ''$HOME'' na pasta ''R''. É possível alterar a variável de ambiente para mexer nesse comportamento.
 ==== Particularidades dos servidores do IME ====