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--- tutoriais:apptainer [2024-03-15 16:47] – gnann
+++ tutoriais:apptainer [2024-05-08 11:44] (current) – [Baixando uma imagem] hcabral
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 ====== Utilizando programas através do Apptainer ======
-O Apptainer é um programa para criação e execução de containers, compatível com o Docker, que permite rodar programas dentro de 'imagens' prontas. Isso evita problemas de compatibilidade entre pacotes do sistema e os requeridos pelo programa.
+O Apptainer é um programa para criação e execução de containers, compatível com o Docker e que permite rodar programas dentro de 'imagens' prontas. Isso evita problemas de compatibilidade entre pacotes do sistema e os requeridos pelo programa.
-Sua principal vantagem em relação ao Docker no nosso caso é não precisar de permissões especiais dos usuários, o que o torna mais adequado a nossos servidores de uso compartilhado.
+Sua principal vantagem em relação ao Docker é não precisar de permissões especiais dos usuários, tornando-o mais adequado a nossos servidores de uso compartilhado.
+Quase tudo que serve para o Singularity serve para o Apptainer.
 Abaixo um guia de como rodar um programa dentro do ambiente (no caso, o R).
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 Para rodar o R com a imagem ml-verse:
-  apptainer exec /opt/apptainer/ml-verse_latest.sif R
+  apptainer exec --nv /opt/apptainer/ml-verse_latest.sif R
-Para o Rstudio, temos um script que chama a imagem do ml-verse com os parâmetros necessários, sendo necessário especificar a porta da interface web do Rstudio. É preciso escolher uma porta (qualquer número de 10000 a 40000 que já não esteja ocupado por outro processo no servidor), e acessar o servidor da seguinte forma (no exemplo, foi escolhido o número 12345):
-  ssh -L 12345:localhost:12345 usuario@brucutu.ime.usp.br
+Rodar o ''Rscript'' é análogo.
-Então, chamar o script com o mesmo número:
-  rstudio_apptainer.sh 12345
+Para rodar o RStudio, siga [[servicos:rstudio|o guia]].
-O script irá gerar e exibir uma senha de acesso. Basta acessar pelo navegador o endereço http://localhost:12345 e usar a senha para acessar o Rstudio.
 ==== Baixando uma imagem ====
-As imagens do Apptainer são ambientes completos, com as dependências necessárias para que o programa incluso funcione corretamente. Para baixar uma imagem, podemos usar o subcomando ''pull'', como:
+As imagens do Apptainer são ambientes com as dependências necessárias para que o programa funcione. Para baixar uma imagem podemos usar o subcomando ''pull'', como:
   apptainer pull docker://rocker/ml-verse
-Esse exemplo baixa uma imagem do R do [[ https://rocker-project.org/ | Projeto Rocker ]], que já vem com o R dentro de um ambiente Ubuntu com um repositório de pacotes pré-configurado para instalação mais rápida. A imagem deve ser baixada na pasta atual onde o comando foi executado o comando, com extensão .sif (no exemplo, seria ''ml-verse_latest.sif'').
+O exemplo baixa uma imagem do R do [[ https://rocker-project.org/ | Projeto Rocker ]] que já vem com o R dentro de um ambiente Ubuntu com um repositório de pacotes pré-configurado para instalação mais rápida. A imagem deve ser baixada no diretório onde o comando foi executado, com extensão .sif (no exemplo, seria ''ml-verse_latest.sif'').
-O comando aceita URIs que apontem para imagens que seguem o padrão OCI. Imagens de docker como a do exemplo devem funcionar normalmente.
+O comando aceita URIs que apontem para imagens que seguem o padrão OCI. Imagens de docker como a do exemplo costumam funcionar.
 ==== Executando uma imagem ====
 Para executar a imagem, utilizamos o subcomando ''apptainer run'', especificando o nome do arquivo da imagem:
-  apptainer run ml-verse_latest.sif
+<code bash>
+# não deve funcionar, pois o container chama o RStudio por padrão e precisará de alguns bind mounts
+apptainer run ml-verse_latest.sif
+</code>
 Também é possível executar um comando no escopo da imagem:
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   apptainer exec ml-verse_latest.sif R
-Ao executar o comando, o apptainer irá criar um container baseado na imagem e executar o programa. Essa parte deve ser transparente, com a saída do terminal sendo similar a um programa executado nativamente.
+Ao executar o comando, o apptainer irá criar um container baseado na imagem e executar o programa.
 ==== Particularidades do ambiente ====
-Apesar de rodar dentro de um container, o apptainer irá automaticamente disponibilizar seu ''$HOME'' dentro do ambiente, então seus arquivos devem continuar a ser acessíveis normalmente. A maior diferença se dá nas bibliotecas e outras dependências inclusas na imagem. Caso algum pacote dependa de bibliotecas que não estejam inclusas, o ideal é baixar uma imagem mais completa. Também é possível criar imagens customizadas.
+O apptainer irá automaticamente disponibilizar seu ''$HOME'' dentro do ambiente, então seus arquivos devem continuar a ser acessíveis normalmente. A maior diferença se dá nas bibliotecas e outras dependências inclusas na imagem. Caso algum pacote dependa de bibliotecas que não estejam inclusas, o ideal é baixar ou criar uma imagem mais completa.
+Para instalar pacotes é preciso configurar o .libPaths(). No R, rodar:
+<code>
+dir.create(Sys.getenv('R_LIBS_USER'), recursive=TRUE)
+.libPaths(Sys.getenv('R_LIBS_USER'))
+</code>
+Por padrão isso resultará em pacotes instalados em seu ''$HOME'' na pasta ''R''. É possível alterar a variável de ambiente para mexer nesse comportamento.
 ==== Particularidades dos servidores do IME ====
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 Além do ''$HOME'', o apptainer já disponibiliza o ''/tmp'' e o ''/var/tmp'' (entre outros diretórios). Nas brucutus também configuramos acesso ao ''/var/fasttmp'', que é sempre um SSD.
+==== Referências ====
+  * https://apptainer.org/docs/user/latest/
+  * https://rocker-project.org/use/singularity.html