tutoriais:apptainer
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tutoriais:apptainer [2024-03-15 16:55] – [Baixando uma imagem] gnann | tutoriais:apptainer [2024-05-08 11:44] (current) – [Baixando uma imagem] hcabral | ||
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Sua principal vantagem em relação ao Docker é não precisar de permissões especiais dos usuários, tornando-o mais adequado a nossos servidores de uso compartilhado. | Sua principal vantagem em relação ao Docker é não precisar de permissões especiais dos usuários, tornando-o mais adequado a nossos servidores de uso compartilhado. | ||
+ | |||
+ | Quase tudo que serve para o Singularity serve para o Apptainer. | ||
Abaixo um guia de como rodar um programa dentro do ambiente (no caso, o R). | Abaixo um guia de como rodar um programa dentro do ambiente (no caso, o R). | ||
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Para rodar o R com a imagem ml-verse: | Para rodar o R com a imagem ml-verse: | ||
- | apptainer exec / | + | apptainer exec --nv / |
- | + | ||
- | Para o RStudio temos um script que chama a imagem do ml-verse, sendo necessário especificar a porta da interface web do RStudio. É preciso escolher uma porta (qualquer número de 10000 a 40000 que já não esteja ocupado por outro processo no servidor) e acessar o servidor da seguinte forma (no exemplo, foi escolhido o número 12345): | + | |
- | ssh -L 12345: | + | Rodar o '' |
- | + | ||
- | Então, chamar o script com o mesmo número: | + | |
- | rstudio_apptainer.sh 12345 | + | Para rodar o RStudio, siga [[servicos:rstudio|o guia]]. |
- | + | ||
- | O script irá gerar e exibir uma senha de acesso. Basta acessar pelo navegador | + | |
==== Baixando uma imagem ==== | ==== Baixando uma imagem ==== | ||
- | As imagens do Apptainer são ambientes com as dependências necessárias para que o programa | + | As imagens do Apptainer são ambientes com as dependências necessárias para que o programa |
apptainer pull docker:// | apptainer pull docker:// | ||
Line 37: | Line 33: | ||
Para executar a imagem, utilizamos o subcomando '' | Para executar a imagem, utilizamos o subcomando '' | ||
- | | + | <code bash> |
+ | # não deve funcionar, pois o container chama o RStudio por padrão e precisará de alguns bind mounts | ||
+ | apptainer run ml-verse_latest.sif | ||
+ | </ | ||
Também é possível executar um comando no escopo da imagem: | Também é possível executar um comando no escopo da imagem: | ||
Line 43: | Line 42: | ||
apptainer exec ml-verse_latest.sif R | apptainer exec ml-verse_latest.sif R | ||
- | Ao executar o comando, o apptainer irá criar um container baseado na imagem e executar o programa. | + | Ao executar o comando, o apptainer irá criar um container baseado na imagem e executar o programa. |
==== Particularidades do ambiente ==== | ==== Particularidades do ambiente ==== | ||
- | Apesar de rodar dentro de um container, o apptainer irá automaticamente disponibilizar seu '' | + | O apptainer irá automaticamente disponibilizar seu '' |
+ | |||
+ | Para instalar pacotes | ||
+ | < | ||
+ | dir.create(Sys.getenv(' | ||
+ | .libPaths(Sys.getenv(' | ||
+ | </ | ||
+ | Por padrão isso resultará em pacotes instalados em seu '' | ||
==== Particularidades dos servidores do IME ==== | ==== Particularidades dos servidores do IME ==== | ||
Line 53: | Line 58: | ||
Além do '' | Além do '' | ||
- | + | ==== Referências ==== | |
- | + | * https:// | |
+ | * https:// |
tutoriais/apptainer.1710532520.txt.gz · Last modified: 2024-03-15 16:55 by gnann