====== Utilizando programas através do Apptainer ======

O Apptainer é um programa para criação e execução de containers, compatível com o Docker e que permite rodar programas dentro de 'imagens' prontas. Isso evita problemas de compatibilidade entre pacotes do sistema e os requeridos pelo programa.

Sua principal vantagem em relação ao Docker é não precisar de permissões especiais dos usuários, tornando-o mais adequado a nossos servidores de uso compartilhado.

Quase tudo que serve para o Singularity serve para o Apptainer.

Abaixo um guia de como rodar um programa dentro do ambiente (no caso, o R).

==== Imagens pré-baixadas ====
Para facilitar, deixaremos algumas imagens baixadas em ''/opt/apptainer''.

Para rodar o R com a imagem ml-verse:

  apptainer exec --nv /opt/apptainer/ml-verse_latest.sif R 

Rodar o ''Rscript'' é análogo.

Para rodar o RStudio, siga [[servicos:rstudio|o guia]].

==== Baixando uma imagem ====

As imagens do Apptainer são ambientes com as dependências necessárias para que o programa funcione. Para baixar uma imagem podemos usar o subcomando ''pull'', como:

  apptainer pull docker://rocker/ml-verse

O exemplo baixa uma imagem do R do [[ https://rocker-project.org/ | Projeto Rocker ]] que já vem com o R dentro de um ambiente Ubuntu com um repositório de pacotes pré-configurado para instalação mais rápida. A imagem deve ser baixada no diretório onde o comando foi executado, com extensão .sif (no exemplo, seria ''ml-verse_latest.sif'').

O comando aceita URIs que apontem para imagens que seguem o padrão OCI. Imagens de docker como a do exemplo costumam funcionar.
==== Executando uma imagem ====

Para executar a imagem, utilizamos o subcomando ''apptainer run'', especificando o nome do arquivo da imagem:

<code bash>
# não deve funcionar, pois o container chama o RStudio por padrão e precisará de alguns bind mounts
apptainer run ml-verse_latest.sif
</code>

Também é possível executar um comando no escopo da imagem:

  apptainer exec ml-verse_latest.sif R

Ao executar o comando, o apptainer irá criar um container baseado na imagem e executar o programa.
==== Particularidades do ambiente ====

O apptainer irá automaticamente disponibilizar seu ''$HOME'' dentro do ambiente, então seus arquivos devem continuar a ser acessíveis normalmente. A maior diferença se dá nas bibliotecas e outras dependências inclusas na imagem. Caso algum pacote dependa de bibliotecas que não estejam inclusas, o ideal é baixar ou criar uma imagem mais completa.

Para instalar pacotes é preciso configurar o .libPaths(). No R, rodar:
<code>
dir.create(Sys.getenv('R_LIBS_USER'), recursive=TRUE)
.libPaths(Sys.getenv('R_LIBS_USER'))
</code>
Por padrão isso resultará em pacotes instalados em seu ''$HOME'' na pasta ''R''. É possível alterar a variável de ambiente para mexer nesse comportamento.

==== Particularidades dos servidores do IME ====

Além do ''$HOME'', o apptainer já disponibiliza o ''/tmp'' e o ''/var/tmp'' (entre outros diretórios). Nas brucutus também configuramos acesso ao ''/var/fasttmp'', que é sempre um SSD.

==== Referências ====
  * https://apptainer.org/docs/user/latest/
  * https://rocker-project.org/use/singularity.html